Bacone afferma che l'uomo, per poter davvero conoscere e operare sulla natura, deve liberarsi dagli idola, ossia dalle immagini false che bloccano il sapere, il quale coincide con la potenza. Essi sono di quattro tipi: gli idola tribus (idoli della tribù) hanno origine nella natura stessa dell'uomo e, partendo dal senso, tendono a semplificare la realtà tramite astrazioni; gli idola specus (idoli della caverna) derivano dall'ambiente, dall'educazione, dalle letture ecc.; gli idola fori (idoli del mercato) sono causati dal linguaggio usato tra gli uomini; gli idola theatri (idoli del teatro) consistono nelle false teorie dei filosofi.
La critica baconiana si scaglia anche contro la logica tradizionale, accusata di basarsi solo su dispute vuote e inutili sillogismi, mentre la vera logica deve poggiare sull'induzione, unico metodo per poter davvero interpretare la natura. Quest'induzione deve procedere per esclusione e, per poter essere realizzata, ha bisogno di tavole divise in tavole di presenza, di assenza e di comparazione. Da qui si passa alla prima vendemmia, cioè ad un'analisi ancora poco approfondita, ma che permette di giungere a delle osservazioni utili per i futuri assiomi. Tutto questo è reso possibile dall'uso di esperimenti, sia di quelli apportatori di luce, utili come punto di partenza, sia di quelli apportatori di frutti, che permettono all'uomo di poter agire sulla natura.
Grazie al nuovo metodo si può giungere alla forma, cioè alla struttura interna dei corpi che determina le caratteristiche osservabili esternamente degli stessi.
Il progetto di Bacone, partendo dalla distruzione della Scolastica e della tradizione magica, mira a costruire un metodo nuovo basato su una nuova logica con cui l'uomo può operare sulla natura, capacità che ha perso a causa del peccato originale. Nonostante il progetto sia troppo ambizioso e ricco di problemi e contraddizioni, il Nuovo organo è un'opera fondamentale per comprendere la scienza odierna.
